フォルダやディスクのアイコンをダブルクリックした時にFreeCommander XEで開くようになります。
Windows7の話ですので、10で使えるかは分かりません。
レジストリをいじるので自己責任でどうぞ。
また、コントロールパネルなど一部のシステムに関係するフォルダは右クリックからエクスプローラで開く必要があります。
1.
FreeCommander XE以外のファイラー（秀丸ファイラー、Tablacus Explorerなど）を使っている場合は、それらのシェルメニューをすべて無効にします。
重複していると異常が発生する場合があるので、念のため無効にしておいた方がいいという意味です。
無効にしなくても問題ないかもしれません。
2.
FreeCommander XEを実行し、ツール→設定→シェル メニューを開きます。
ドライブとフォルダにチェックを入れ、下部の「レジストリを更新」ボタンを押します。
3.
Windowsのスタートメニュー→ファイル名を指定して実行にregeditと入れてOKを押します。
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Classes\Folder\shell
（Windows10はHKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Classes\Directory\shell？未確認）
を選択し、 (規定)の値にFreeCommanderと入力してOKを押します。
以上で完了です。
元に戻す場合は(規定)の値を空にするだけです。
最初に書きましたが、一部のコントロールパネルなどはFreeCommanderでは正しく動作しないため、右クリックからエクスプローラで開く必要があります。
例えば何かのプログラムをアンインストールする場合には、コントロールパネル内、「プログラム」を右クリックして「開く」、「プログラムと機能」を右クリックして「開く」とします。
ちなみに、エクスプローラーのように複数のウインドウを開きたい場合は、設定→シェル メニュー→「常に新しいインスタンスで開く」を選んでレジストリを更新します。
